Najwcześniejsze dzieje Chotomowa sięgają czasów średniowiecza. Jeden ze starszych znanych zapisów pochodzi z 20 lipca 1387 r., jednak zaginięcie aktu erekcyjnego uniemożliwia ścisłe datowanie powstania istniejącej tu parafii. Jedną z kolejnych drewnianych świątyń wzniósł biskup płocki Andrzej Stanisław Załuski w 1725 r. W 2. poł. XIX w. drewnianą świątynię zastąpił nowy murowany kościół w stylu neogotyku angielskiego. Zaprojektował go wzięty architekt polski włoskiego pochodzenia Franciszek Maria Lanci (1799–1875). Kościół został wybudowany w latach 1861–1863 z fundacji hr. Maurycego Potockiego.
W 1944 r. w następstwie działań wojennych kościół został częściowo zburzony. Uszkodzeniu uległa ściana wschodnia, zapadła się część sklepienia. Z historycznego wystroju wnętrza ocalały dwa neogotyckie ołtarze – główny i boczny, konfesjonał oraz tron biskupi.
W odbudowanym kościele znajdują się ważne tablice pamiątkowe. Pierwsza upamiętnia żołnierzy Polskiej Organizacji Wojskowej z Chotomowa i okolic, którzy w listopadzie 1918 r. ofiarnie zdobyli niemieckie koszary w Jabłonnie (obecnie Legionowie). Natomiast druga czci pamięć poległych, zaginionych i zamordowanych żołnierzy pułku Armii Krajowej „Marianowo-Brzozów”. Tablicę ufundowali towarzysze walk z 3. kompanii II Batalionu VII Obwodu „Obroża” AK.