Podczas okupacji, w pobliskich nieckach i zagłębieniach, Niemcy rozstrzeliwali polskich więźniów. O wydarzeniach tych świadczą zeznania miejscowej ludności, częściowo potwierdzone w wyniku badań Instytutu Pamięci Narodowej. Prace nad odkryciem pełnego obrazu tragicznych wydarzeń, które miały miejsce na terenie Kadzielni, trwają.
IPN ustalił, że w tym miejscu, w dniach 25-26 stycznia 1940 r., Niemcy zamordowali „nieustaloną liczbę ofiar”. Na potwierdzenie czekają informacje, że Kadzielnia była świadkiem rozstrzeliwania Polaków już od 1939 r. Mieli tu ginąć mieszkańcy Nowego Dworu Mazowieckiego, Zakroczymia (wśród nich burmistrz Tadeusz Hanzlik), a być może także więźniowie warszawskiego Pawiaka. Zeznania Almy Majert wskazują, że Kadzielnia służyła Niemcom m.in. do realizacji Akcji T4, polegającej na pozbawieniu, jak określali narodowi socjaliści, „życia niewartego życia” – osób upośledzonych psychicznie i fizycznie. Jedną
z formacji wykonujących bestialski plan było gestapo. Eksterminację ludności czynnie wspierała część społeczności pochodzenia niemieckiego, zamieszkująca te tereny jeszcze przed wojną, doskonale orientująca się, którzy Polacy cechują się szczególnie patriotyczną postawą.